已经缴纳了契税，但是土地价款还只给了一小部分，还是要按总额确认土地成本吧。

土地价款是按照土地总价来确认的，而不是只缴纳契税来抵扣。买方在购买土地后，需要支付土地价款，这部分价款是由土地总价决定的，而不能根据曾经缴纳的契税抵扣。例如A先生想要购买一处100万元的土地，他在购买前必须交纳10万元的契税，缴纳完以后，他仍需要付清100万的土地价款，而不能只缴纳10万代替总价。