一位副总和一位运营经理因工作需要，私车公用，公司决定每月补贴1000元补贴，是发在他们工资里还是签租赁协议支付这笔费用好。

这应该由公司和相关员工根据实际情况来决定。如果员工只需要车辆偶尔使用的话，公司可以考虑把补贴1000元发放到他们的工资里面，但这种方式存在一些风险，因为如果员工长期使用车辆则有可能造成车辆的损坏或报废，公司可能会为此负责。因此，当员工长期需要车辆时，公司可以考虑签署租赁协议来支付这笔补贴，这样可以保证车辆质量达到最佳状态，也不用担心车辆损坏和报废带来的风险。 拓展知识：租赁协议是一个使用者（租用人）和拥有者（出租人）之间签定的一份文件，用来规定双方在租赁物品交换上的权利与义务。租赁协议一般会包括租赁期限、租金金额、付款方式以及租赁物退回给拥有者时的条件等细节。