公司在上海，与南京A公司签订合同每月服务费15万元，主要用于支付劳务工资，由于南京A公司特殊情况四个月未付相关费用，上海公司一直垫付人员工资。现在上海公司在南京成立一家分公司，财务独立核算，上海公司已委托分公司负责南京 片区账务事项，南京A公司近期转账四个月的费用给上海在南京的分公司，南京分公司也开票给了南京A公司，那么南京分公司把钱转给上海总公司时，上海总公司需要开票给分公司，分公司已给A公司开票交过税了，这种情况怎么做账。